Marie-Claire Alain (* 10. August 1926 in Saint-Germain-en-Laye) ist eine französische Organistin und Musikpädagogin.
Marie-Claire Alain entstammt einer Musikerfamilie in Saint-Germain-en-Laye bei Paris. Ihr Vater war der Komponist und Organist Albert Alain, ihre Geschwister die Komponisten und Organisten Olivier (1918–1994) und Jehan Alain (1911–1940). Sie studierte am Conservatoire de Paris in der Orgelklasse von Marcel Dupré, sowie Klavier bei Yves Nat, der ihr zu Orgel riet, da sie „Organistenhände“ habe. Sie schloss ihre Studien mit mehreren ersten Preisen ab.
Als Konzertorganistin spielte sie weltweit mehr als 2.000 Konzerte. Ihre über 260 Einspielungen umfassen Orgelwerke von Johann Sebastian Bach, Dietrich Buxtehude, Nicolaus Bruhns, Georg Böhm, François Couperin, Nicolas de Grigny, Louis-Claude Daquin, Johann Pachelbel, Felix Mendelssohn Bartholdy, César Franck, Jehan Alain, sowie die Orgelkonzerte von Francis Poulenc, Georg Friedrich Händel, Carl Philipp Emanuel Bach, Joseph Haydn, Wolfgang Amadeus Mozart und Antonio Vivaldi. Darunter sind viele Gesamteinspielungen. Die gesamten Orgelwerke J. S. Bachs spielte sie allein dreimal ein.
Alain wurde mit Ehrendoktorwürden der Colorado State University sowie der Southern Methodist University in Dallas, Texas (USA) ausgezeichnet. Unzählige weitere Auszeichnungen, u. a. 2004 die Aufnahme in die Ehrenlegion, kamen im Lauf ihres Künstlerlebens dazu.